Belagerung von Atlantis
Vergleichbar zu den Ereignissen, die in der Serie in den Folgen „Die Belagerung“ geschahen, wurde Atlantis auch bei uns von den Wraith angegriffen. Gleichzeitig wurden Dr. Elizabeth Weir und John Sheppard zur Erde berufen, um sich den Fragen des IOA zu stellen. Deshalb übernahm Dr. Carson Beckett die Verhandlungen mit den Wraith, scheiterte dabei jedoch auf diplomatischem Wege, so dass es zu einem Kampf kommt. Ein Team wird zusammengestellt, um das Wraith-Schiff zu entern. Diesem Team gehört auch Aiden Ford an, welcher von einem Wraith-Soldaten angegriffen wird. Später finden sie nur noch seine Hundemarken.
Bei ihrem Eindringen auf das Hive befreien sie aber auch den Läufer Ronon Dex und versprechen, den Peilsender zu entfernen.
Währenddessen wird Sheppard auf der Erde zum Lieutenant Colonel befördert.
Auf Atlantis ist man sich einig, dass man definitiv mehr als das eine verfügbare ZPM benötigt, um Angriffen nicht so schutzlos ausgeliefert zu sein. Deshalb werden Teams losgeschickt, um Planeten, auf denen früher Antikeraußenposten waren, zu besuchen und ihr Glück zu versuchen. Tatsächlich gelingt es einem Team ein ZPM zu ergattern, ein Mann wird dabei verletzt, Verluste gibt es jedoch keine.
Weiterhin wird SG-1 zur Unterstützung in die Pegasus-Galaxie geschickt. SG-1 fand sich schnell in Atlantis ein und vor allem Carter und Jackson waren begeistert von den neuen Technologien und Erkenntnissen über die Kultur der Antiker. Mittlerweile ist SG-1 in den Alltag von Atlantis vollständig integriert und agiert als eigenes Team oder seine einzelnen Mitglieder als Erweiterung bestehender SGA-Teams.
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Genii-Revolte
Am Atlantis Arrival Day, der eine Idee von zwei Expeditionsmitgliedern gewesen war, wurde die zweijährige Anwesenheit der Erdlinge auf Atlantis gefeiert. An diesem Abend warfen sich alle in ihre beste Garderobe und trafen sich im eigens dafür hergerichteten Festsaal. Dabei lernten sich viele besser kennen und neue Freundschaften bildeten sich.
In Atlantis ging eines Tages ein seltsamer Funkkontakt ein. Von den Genii. Zu dieser Zeit war Carson Beckett noch vorübergehender Leiter von Atlantis.
Die Genii Acastus und Merrick Kolya wollten den Boss der Genii Cowen stürzen, da sie es als Unrecht empfanden, was er ihrem Volk antat. Alle Missionen gegen Atlantis gingen von ihm aus, so Kolyas Widerstandsgruppe.
Beckett erlaubte den beiden Anführern der Genii-Widerstandsgruppe nach Atlantis zu kommen, um Verhandlungen durchzuführen.
Schließlich einigte man sich darauf, den Genii beim Putsch zu helfen, da man dies als einzige Möglichkeit für künftigen Frieden betrachtete.
Einige Teams aus Atlantis taten sich so mit dem Widerstand der Genii zusammen und stürzten die Regierung der Genii.
Von da an, regiert Acastus Kolya über die Genii und sichert den Atlantern Frieden zu.
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Erstkontakt mit den Barakass
Auf dem Planeten Rughall wollen die Atlanter Verhandlungen führen. Da es sich um eine diplomatische Mission handelt, begleitet Dr. Weir den Einsatz. Ferner ist Dr. Beckett mit dabei, da die Bewohner von Rughall vielversprechende Medikamente besitzen, die er sich genauer ansehen möchte.
Die Verhandlungen laufen nicht schlecht, doch da greifen plötzlich Fremde an, senden Jäger, die denen der Wraith ähnlich sind, aber nicht den Wraith gehören. Die Krieger kämpfen mit Schwertern und Energieschilden, die die Schüsse der Atlanter aussehen lassen wie mit Platzpatronen geschossen.
Diese Fremden nehmen Weir und Beckett gefangen und verschleppen sie auf eines ihrer Schiffe im Orbit um Rughall, wo die beiden verhört und gefoltert werden. Die beiden wissen nichts vom jeweils anderen, da sie in unterschiedlichen Zellen gefangen gehalten werden.
Beckett trifft auf Tarina Gallaghar, eine dieser Barakass, die stark an den Methoden ihres Volkes zweifelt. Sie erklärt ihm, was ihr Volk antreibt und hat schließlich erbarmen und verhilft ihm zur Flucht.
Die beiden befreien Weir und die Atlanter brechen zum Hangar auf, wo Beckett schwer verletzt wird, sich aber noch in einen der Jäger schleppen kann. Weir startet den Jäger, der aber auf der Planetenoberfläche bruchlandet. Vom Team werden sie gefunden und zurück nach Atlantis gebracht.
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Eisige Zeiten | HotTabQua
Die Atlanter wurden beim Durchstöbern der Datenbank auf den Planeten Rekhirri aufmerksam, dessen Bewohner den Satedanern nicht ungleich sein sollen.
Sheppards Team beschließt, dort hin aufzubrechen und eventuell die Grundlage für Verhandlungen zu legen. Jedoch muss das Team vor Ort feststellen, dass nicht alles so ist, wie sich die Atlanter das erhofft hatten.
Das Schiff der Barakass wurde schwer beschädigt und musste auf Rekhirri notlanden. Dabei wurden zwar die Barakass stark dezimiert, doch die Überlebenden haben auch ihres getan, um die Bevölkerung des Planeten stark zu dezimieren.
Das Dorf, mit dem die Atlanter Kontakt aufnehmen wollten, existiert nicht mehr.
Auf Rekhirri wartet aber auch noch eine andere Überraschung. Der Wraith Todd, der sich einige Wochen zuvor mit Sheppard aus der Gefangenschaft einiger Genii gekämpft hat, bittet den Colonel erneut um Hilfe. Das das Team beschließt, dass es auf Rekhirri nicht mehr viel ausrichten kann, tut es sich mit Todd zusammen.
Währenddessen ist in Atlantis eine Stasiskapsel mit einer Person gefunden worden. Die Kapsel wurde geöffnet und der Mann entkam.
Daraufhin breitet sich eine Seuche in der Stadt aus, die alle Infizierten in den Wahnsinn treibt.
SGA-2 bricht auf, um auf einem anderen Planeten ein Heilmittel für die Krankheit zu finden.
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Eine neue Hoffnung
Die Barakass haben Atlantis nach langer Suche ausfindig gemacht - die Stadt, die ihnen vor Jahrhunderten als neues Zentrum ihres Imperiums prophezeit worden war.
Nachdem sie auf Rekhirri eine Geisel (General O'Neill) genommen und die Genii unter Druck gesetzt hatten, mit ihnen zusammenzuarbeiten, können die Atlanter nicht mehr standhalten. Genii, die sich durch das Gate geschummelt hatten und ein Luftangriff, der die Barakass-Soldaten direkt in die Stadt brachte.
Die Teams in Atlantis tun ihr möglichstes, um den Angriff abzuwehren, während die Wissenschaftler daran arbeiten, die Stadt auch mit zwei ZPMs und mit Hilfe eines ominösen Puddle Jumpers, den das SGA-3-Team von der Aufklärungsmission mit LaCroix und Comes mitgebracht hatte, zum Fliegen zu bringen.
Unter größtem Zeitdruck müssen McKay und Zelenka mit ihrem Wissenschaftler-Team den Sternenantrieb zum Laufen bringen.
Letztlich gelingt ihnen das Unterfangen und Atlantis findet auf einem neuen Planeten ein neues Zuhause.