Als Young sah, dass Rush sich auf dem Stuhl befindet, war Eli ja noch nicht weg. Eli ist sogar mit in dem Raum und lässt sich die angesprochenen Modifikationen erklären.
Warum er ihn dann auf den Planeten lässt? Nungut, zum einen wahrscheinlich, weil er nicht damit rechnet, dass in 6 Stunden Ruinen angucken allzuviel passieren kann. Und zum anderen will er seinen Führungsstil nach der Meuterei sicher anpassen und mehr auf die Wünsche der Besatzung eingehen.